Завершена первая фаза “всемирной переписи микробов”

Как пишет издание Nature, завершена первая фаза проекта Микробиома Земли (The Earth Microbiome Project, EMP). Глобальной целью данного проекта является составление наиболее полной картины биоразнообразия микроорганизмов на нашей планете.

В течении семи лет было собрано и проанализировано более 27 тыс образцов из различных сред обитания, которые собирали исследователи из 43 стран на всех континентах. С базой данных можно ознакомиться на сайте earthmicrobiome.org.

Микробим – это совокупность микроорганизмов, живущих в определенной среде и представляющих собой экологическое сообщество. Микробиом есть в любом участке почвы, водоеме, кишечнике любого живтного. В нег входят , археи, простейшие, одноклеточные грибы и вирусы

Ученые хотят определить, как устроены микробные сообщества на планете и какие законы определяют их структуру и разнообразие. Для этого они проанализировали гены рибосомальных 16S РНК в 27,751 образцах со всего мира, собранных сотнями ученых, и получили более двух миллиардов «прочтений» их ДНК (DNA sequence reads). В результате было получено более 300 тысяч уникальных последовательностей 16S РНК, из которых почти 90 процентов ранее не было известно. Авторы утверждают, что новая база данных в сравнении с предыдущими возможностями идентификации микробов аналогична сравнению Facebook с бумажной телефонной книгой.

Выяснилось, что тип среды гораздо сильнее влияет на биоразнообразие микробиома чем, например, географические факторы и многие другие экологические параметры. Также выяснилось, что микробиомы «свободных» сред гораздо более разнообразны, чем микробиомы каких-либо «хозяев».

Ученые сообщают, что полученные данные о биоразнообразии организмов в разных средах позволяют теперь, проанализировав состав и количественное соотношение разных представителей микробиома, в 90 процентов случаях верно определять среду, из которой он был получен. Такой «инструмент» может быть полезен, например, в криминалистике, полагают они.

Новая база данных содержит, во-первых, все полученные результаты, а во-вторых, позволяет удобным и унифицированным способом вносить и анализировать новые данные. В дальнейшем ученые планируют продолжать сбор данных и более полномерно изучать влияние на разнообразие микробиомов разных параметров среды, в том числе, высоты над уровнем моря, pH и температуры.